普通はquiを使います。Qui est-ce queが使われるのは稀です。
ですから、「~はだれですか？」とたずねるときは、quiを使うと覚えておいたほうがいいでしょう。

これは（あれは）だれですか？
○ Qui est-ce？	Ｘ　Qui est-ce que c'est ?
あの婦人は誰ですか？
○ Qui est cette dame ?	Ｘ　Qui est-ce que cette dame est ?