一般的には、est-ceの入っていないquiとかqueだけが使われるのは、少し改まって質問をするときです。

あなたは誰を愛しているのですか？
Qui aimez-vous ?　＞　Qui est-ce que vous aimez ?
あなたは何を探しているのですか？
Que cherchez-vous？　＞　Qu'est-ce que vous cherchez？
それぞれ左のほうが、右のより改まった感じのする疑問文です。